Il arrive que des patients souffrent de nausées et/ou de diarrhée sous Amoxicilline. C'est l'effet secondaire le plus fréquent, et dans de plus rares cas, cela peut aller jusqu'aux vomissements, ou engendrer un urticaire, ou des démangeaisons d'ampleur variable. En ce qui concerne la diarrhée et les vomissements, comme ils entraînent une perte d'eau, il est important de bien s'hydrater pour éviter la déshydratation, qui pourrait être source de malaise. Enfin, très rarement, des patients développent des champignons, des vertiges et d'autres symptômes plus impressionnants comme des convulsions, des éruptions cutanées massives ou des réactions allergiques sévères (oedème de Quincke, choc anaphylactique), cela restant exceptionnel.
A noter que l'Amoxicilline entraîne dans de très rares cas une anomalie des analyses biologiques visibles à la prise de sang (augmentation des marqueurs du foie - transaminases) ou dans les urines (cristaux).
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